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航空
金门机场，目前可从台北、台中、嘉义、台南、高雄等五地飞往金门，自台湾至金门约需45-50分钟的航程。每年的三月到四月间，机场常因雾气围绕而被关闭。飞金门航空公司：远东、立荣、复兴。金门机场亦是政府开放小三通的重要转运据点，旅客购买小三通的票，各家航空公司都会帮乘客以游览车接送到金门的水头码头，大约历时15-20分钟，然后，再由水头码头搭船前往厦门。
水运
金门快轮往返高雄金门，由高雄港码头开船到金门料罗码时间约8到9个钟头。船票全价约900元。一个月仅一到两个航次，由于开船时间不定，欲搭船者需事先订购船票，搭船时请携带身分证。
小三通航线：金门有料罗与水头两商港，水头商港同时为小三通指定港口，与厦门和平码头间有定期航线，亦为烈屿乡（小金门）与金门本岛间定期航线对口。 但只对台胞、台商等人群开放。小金门的九宫码头及大金门的水头码头之间每天从早到晚每半小时各有两艘渡轮来回，其中一辆可载运机车。
每隔1 小时厦门与金门对开 1 航班。航班时刻分为夏季航班和冬季航班。夏季航班首班开航时间为早上 8：30 ，末班为 17：30 ；冬季航班首班开航时间为早上 9：00 ，末班为 18：00 。 航程40分钟左右，票价180元人民币。
“泉金”航线目前每天有 1 个航班（ 2 个航次）往返两岸，可提供往返 496 个座位。泉州石井港往金门开船时间为： 8：50 ；金门往泉州石井港开船时间为： 15：20 。
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