园区规划面积约6.76平方公里（陆域3.03平方公里），由五个展园岛、四个生态景观岛和两个半岛组成，主要包括园博会主展区、中华教育园、海洋文化岛、温泉岛等功能区和相关配套设施。  

建成后的园博园岛群地形，是经过杏林湾区清淤吹沙充填，并从区域外补充350多万立方米沙壤土和田园种植土人工造地形成的。  

第六届园博会主展区规划范围为园博岛、闽台岛、入口管理服务区三部分，规划用地总面积约110公顷。在主展区中，首次将按主要园林流派规划为国内三大园林流派园区（北方园区、江南园区、岭南园区）、民族风情园区、现代园区、国际园区、闽台园区、风景园林师园区和公共园区。成为展示中国主要园林流派风格的“水上大观园”，内容涵盖园林花卉、休闲旅游、自然生态、文化艺术和商贸交流，是一次富有闽台特色的综合盛会。