双塔寺塔基初建于北宋，金代正隆至大定年间（公元1156-1189年）曾进行大规模维修和续建。寺院原名石塔院，金大安三年（公元1211年）更名兴教院，明代屡有修葺。后因山体滑坡，大部分建筑被毁，仅留双石造像塔。双塔分别高13.1和11.8米，共有雕像4100余尊，神态各异，栩栩如生，其雕刻之精美，举世无双。1963年2月、1981年9月，甘肃省人民政府两次公布为省级文物保护单位。

2000年3月24日和5月4日，一号塔两次被盗，8月4日公安机关将贩至台湾的塔体追回。文物部门即对寺院进行抢救性发掘，清理出建筑遗址10处，文物370余件，又在二号塔内发现西夏文书、藏文佛经、著名的“千岁香包”及文物140多件。为保护文物，弘扬古风，双塔寺从原址迁建于华池县城东山。历经沧桑的双塔高高耸立，势压群峰；山门巍峨壮观，殿宇雄伟庄严；钟声浑厚苍劲，香烟飘飘渺渺；其慕名观塔拜佛者络绎不绝。被誉为“身世最离奇的石雕古塔”。