石门山位于曲阜城东北25公里处，原名龙门山，因山有二峰对峙，状如石门，故名。右侧的胜涵峰为全山主峰，海拔406米，有水雪洞、蟠龙洞等二十四景，尤以石门月霁为胜景。山上有孔子学《易》处，子路宿于石门处，李白、杜甫燕集处等遗址。现为国家森林公园。

石门寺在胜涵峰山腰之阴，是曲阜唯一的一座寺院。宋、元时为全真观，明景泰七年（1056年）归僧家所有，改称五泉寺，后依山名改为石门寺。全寺一佛殿为主体建筑，前后建有二层楼阁数座，西面建有配房数十间，均为民国时建筑，今寺已废，遗址尚存。

石门寺西北里许处为孔尚任隐居处，遗迹尚存。孔尚任字聘之，又字季重号东塘，别号岸堂，自称云亭山人，孔子六十四代孙。三十五岁前隐居石门，结草庐三间，名“孤云草堂”，后受康熙赏识，步入官场。罢官后重回石门山，直至去世。著有戏曲名作《桃花扇》 石门山附近，距市区15公里处有石门书院，为曲阜旧时四大书院之一。旧为佛、道、儒三教之堂，乾隆四十年（1775年）迁佛、老之像于庙东北隅，在原址建大殿，独奉至圣先师像，春秋致祭。