药王庙位于崇文区东晓市街。占地20余亩。始建于明末天启年间，为武清侯所建。因明、清两代京城药王庙很多，故又称位于外城天坛之北的这座药王庙为南药王庙，其规模比其它药王庙为大。

庙的主要建筑分东、西两部分，西部是寺庙形式：山门门额镌刻“敕封药王庙”，门前原有两尊大铁狮子，进山门有一对大旗杆，每年腊月至正月底，旗杆上挂大红灯笼，旗杆后有报时的钟、鼓楼。

南药王庙有三层大殿。第一层大殿为药王殿，面阔3间，东、西两侧配殿各3间。正殿中供奉伏羲、神农、黄帝塑像及药圣孙思邈、药王韦兹藏。大殿两侧，分别站立十大名医。东配殿供马王爷和龙王爷，西配殿供月下老人。第二层正殿和配殿与第一层的建筑形式、规模相同。正殿为玉皇殿，供奉玉皇大帝，东站立四大天王，西列兵器。东配殿供斗母娘娘，西配殿供奉九位圣母。第三层大殿是三清殿，面阔5间，正中供奉玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清太上老君。两侧分别供着道教所信奉的其他十几位天神。三清殿两侧设有配殿，院内东、西两边立着30余座石碑，碑文分别为修建各大殿时知名人士的题词和题记，今均已无存。在三清殿正西，与它并排而立的还有一座二层小楼，楼下是关公殿，楼上为唐明皇殿。

东部的建筑贯穿在南北轴线上。与山门并列平行的有一排临街罩房，面对罩房第一层殿是吕祖殿，供奉八仙之中的吕洞宾，其后有文昌殿、真武殿。真武殿后有一座戏楼，戏楼北是药王寝宫，宫内供奉着药王爷和十大名医，在它西边还有一个小配殿，供财神爷赵公明。

最后是一栋二层上下开问各七间半的木楼，楼上供奉东王公、太阳公、东岳大帝、灶王爷、南北五祖等几十位神像，多为木雕或铜铸，楼下存放祭神的用品杂物。东边有七、八个小院落，多为僚舍。

东部庙房多已拆除，西部除山门以外，主要三层大殿及配殿至今尚保存完整。为崇文区重点保护文物。