妙因寺位于衙门西侧，为鲁土司所建立的影响最大、塑像最多、壁画最精的一处寺院。始建于明代，清咸丰年间做过大量修整，主要建筑物有：牌坊（已拆）、山门、鹰王殿、万岁殿、古隆官殿、金刚殿、多尔经堂、禅僧殿、大经堂、佛塔以及两座活佛囊和若干僧舍。

1、鹰王殿：以供有鹰王画象而得名，两侧塑哼哈二将，中有明景泰元年探花黄谏撰《敕赐大通寺记》石牌一座（已毁坏）。

2、金刚殿：也叫转轮殿，正中从梁上到地下安装有高二米余，直径一米余的八角转轮一座，四面镶有拉环，供人拉转，西侧塑四大金刚像。

3、万岁殿：正中莲台塑释迦、交殊、普贤三大菩萨像。供桌上原供有朱元璋画像，设有木制"当今皇帝万岁万万岁"牌位，供土司朝拜之用。殿后座南朝北塑有观音人像，又称四臂倒坐观音。四周穿廊画壁上，绘有释迦牟尼生平故事，形象生动，工艺精致。

4、古隆宫殿：古隆宫相传是妙因寺护法尊神。原殿甚小，由十七世土司鲁如皋于清咸丰十年增修。殿内供桌上原放有达官截只手一只，供人观赏，以后手不知失落何方。

5、塔尔殿：正中竖有木制定心的塔座，中供白玉观音，周围壁上有彩绘佛像。

6、多尔经堂：为妙因寺的正殿。中间塑有西方金刚首菩萨等三佛，千首千眼佛及八菩萨二护法塑像肃立两旁，铜制镀金大小佛像布满供桌，周围壁上分别画着唐僧取经故事，塑着小佛法相，殿内还藏有各种经典500余部，用黄色包裹，木板夹装，宽带密扎。另外还有供印佛像及经文的木质刻若干套，现已散失。

7、大经堂：座西面东，内宽24米，长28米，重檐歇山顶，顶棚为三百七十六块绘画方格天花板，画栋雕梁，宽敞别致，别具风格。内供宗喀巴像，堂中设活佛讲经座床。南北廊下柱空间设有支架小转轮25个，供转寺的人们拉转。

8、禅僧殿：与大经堂相对，殿内有壁画佛像，布设供桌，实为僧众举行小型佛事，讲经学习的小经堂。

9、活佛囊二处，即活佛官舍。其中勘布囊设有整齐雅致的佛舍三间，古塔三座，独立佛龛四处，系明代建筑。

10、塔儿，面对山口，在塔尔殿背后有高约十米的砖塔一座，以纪念释迦牟尼。

妙因寺在青海省藏族地区和内蒙古自治区的部分地区，深有影响，过去每年春夏之交，信徒们成群结队，长途跋涉来这里朝拜贡献，转寺磕头，以示笃信虔。