国清寺在如东县城掘港镇开发区的东南部。据史料记载，如东的佛教源于东汉。掘港国清寺与全国佛教八小名山之一的浙江天台山的国清寺同宗同法系，均属于天台宗。浙江的国清寺为隋开皇十八年（公元598年）由佛教天台宗开山祖师智顗（yǐ）（亦名智者）所建，智顗法系的第十祖、天台山修禅寺座主行满大师在唐元和年间（公元806 - 820年）来到如东，历时十四年按照天台山国清寺的建筑风格创建了掘港国清寺。

       掘港国清寺在五代、宋、元年间，屡遭兵燹之损，直至明万历九年（公元1581年），僧绍崟（yín）、可良募化重建，并立碑为记。后经清、民国两代多次重修增建，古寺已具规模，别具一格。1960年7月，掘港国清寺被列为省级文物保护单位，1968年底，大雄宝殿和天王殿在“文化大革命”中被全部拆除（注：藏经楼已在解放战争中被拆除），就这样，千年古刹荡然无存。

        九十年代初，掘港国清寺异地重建，由已故中国佛教协会会长赵朴初先生亲题寺名。