保基乡位于盘县东北部，距县城红果约82公里，全乡土地面积147多平方公里，位于东经104°508′—104°58′之间，北纬25°53′—26°02′之间。年平均13.8℃，年积气温3967.50C，龙呤镇隔河相望；南抵盘县羊场乡；西及西北与盘县淤泥乡、普古乡紧邻；北面与水城县花嘎乡接壤。  

保基乡地势西南高、东北低，群山连绵，地形复杂，最高海拔为西南部长山箐，海拔2375米；最低海拔为格所河谷与水城县花嘎乡，普安县龙呤镇的交汇点——大河边，海拔为740米。海拔较高的西南部属于典型的高原气候，适宜各种经济和名贵中药材的生长，荒山草坡较多，有宽阔的放牧地带，适宜于优质杂交肉牛和黑山羊的放养。大面积的宜林区和旱地，适宜于优质本地小黑稻、大蒜和野生姨妈菜等。中部有大面积的、疏散的、开采价值不大的铅锌矿资源。下部大坪村、陆家寨村海拔较低，属河谷湿热气候类型，主产水稻。有芭蕉、甘蔗、桔子、黄果、莎仁等经济作物。  

境内植被茂密，动植物资源十分丰富，国家保护野生动物有野鸡、白面獐、岩羊等二十余种；国家野生保护植物有香樟、红椿、核桃、板栗、兰草等三十余种，植被覆盖率46.2%，风景优美，是旅游渡假的好去处。