兖州博物馆位于兖州城区文化东路兴隆塔院内。1984年8月建馆，建仿古文物陈列室、修复室、库房、办公室等建筑，形成与兴隆塔风貌相协调的仿古建筑群。2002年9月在兴隆塔南侧又建成了9000平方米的陈列馆，9月19日举行了落成典礼并正式向社会开放。至2006年，馆藏文物12000余件。

博物馆呈轴南北向。北部为兴隆塔游览区。中部是陈列馆，陈列馆建筑采用仿汉阕、大斜坡房顶的外观造型，气势宏伟，古朴典雅，庄重大方，与兴隆塔前后呼应，浑然一体。陈列馆地下一层，拟建兖州明代民俗文化街区场景，反映兖州明代时期的历史风貌。地上以二层为主，局部三层。陈列厅主要分布在一、二层，设七个展厅，共展出文物近千余件，其中珍贵文物200余件。一层为二个敞开式展厅，分别以图板的形式展示了古九州之一--兖州历史上各时期的重要事件、人物、名胜古迹和历史文化脉络以及改革开放以来兖州取得的丰硕成果。二层设五个展厅。分别是：文明曙光厅，陈列了兖州地区发掘出土的史前文化遗物300余件，其中有中科院考古研究所发掘的王因遗址、国家文物局全国田野考古领队培训班发掘的西吴寺遗址、六里井遗址，还有龙湾店遗址、马楼遗址等出土文物，这些遗址系统地反映了山东地区新石器时期的文化发展序列。文物精品厅，陈列了馆藏文物精品中的青铜器、瓷器、石刻造像、金玉饰品等几个专题。天下第一剑厅，大剑，生铁模铸而成，剑柄铸有铭文"康熙丁酉二月知兖州府事山阴金一凤置"，剑长7.5米，重1539.8公斤，被誉为"神州一剑"或"天下第一剑"。另外还有李蒂根艺厅、名家书画厅。南部为"端信"广场，占地近10000平方米，广场中间竖有上海交通大学青铜研究所铸造的"兖"鼎，"兖鼎"高2.1米，重2500公斤，内铸有反映兖州悠久历史的369字篆书铭文。广场周围绿地环绕，绿荫掩映，其间点缀着"九州池"、"万重山"、"百兖壁"、"明代兖州府城鸟瞰图"、石雕作品以及名贵花木等，整个广场到处体现着文化的信息，是游玩观赏、休闲娱乐、陶冶情操的良好场所。

兖州博物馆是济宁市、兖州市爱国主义教育基地，是融陈列展览、登塔远眺、文化娱乐、休闲观赏、环境优雅为一体的公共人文景区，是我市的一大旅游景点。