深水埗昔日为渔舟聚集之地，渔民认为藉神力可保风调雨顺，因而信奉天后，并于光绪二十七年(一九零一年)集资建此天后庙。当时的天后庙面海，风水极佳，惟因社区发展关系，该庙现已被四面林立的大厦包围。

该庙的建筑格局比较特别，与位于海坛街的武帝庙的格局有异曲同工之妙，中门上更留存着一对像苏绣的木屏风。庙的正殿在后，左右有偏殿，在市区来说可算颇具规模。