查理寺院全称为安曲查理寺院，意为安曲部落的哲学辩论寺院，也称“华尔丹玛桑林”，意为骑狮子的文殊菩萨的寺院；据传这是因为第二世安曲活佛创建这座寺院时从地基下挖出一尊文殊菩萨骑狮石像。查理寺院以古老深厚、文化内涵丰富而著称，是安多藏区较有影响的寺院。安曲部落的百姓原信仰本波教。公元18世纪，安曲部落噶图耶土官家庭准备将其幼子甲俄送入本波教寺院，受到其舅科托洛尔文坚决反对，并抢先将其剃度为藏传佛教格鲁派僧人，传授藏文和修习佛教经典。后来甲俄喇嘛又被送往西藏甘丹寺深造，获林瑟巴格西学位，并拜请第五世班禅罗桑益西为师，受比丘戒，灌顶传法。学成返家后，他广传佛法，并建立了自己的寺院。后来，他的侄子索南求迫（公元1743年—1789年）17岁时也远涉西藏甘丹寺学经修法，获拉然巴格西学位。乾隆四十六年（公元1781年）从西藏学成回家，在查理乡塔洼村建立嘎尔青寺院，在这里讲经传法，该寺即为安曲查理寺院前身，索南求迫即是第一世安曲活佛，乾隆五十四年（公元1789年）第一世安曲活佛圆寂。嘉庆四年（公元1799年）嘎尔青寺第二世安曲活佛在马尔康卓克基转世，并经拉卜楞寺第三世贡唐活佛认定，两岁迎进坐床，并赐法名贡却丹白嘉木参（公元1799年—1847年），后成为学识渊博的佛学大师。道光二年（公元1822年）第三世贡唐活佛赐给物资加持寺地，让他在这里修建一所哲学僧院为主的寺院，但因这年嘎尔青寺遭劫而未能动工；于次年动工修建，两年后建成。第二世安曲活佛将该寺送给了他的老师第四世贡唐活佛丹贝嘉措。新寺建成后，寺内辩论轰轰烈烈。道光二十九年（公元1849年）第三世安曲活佛嘉阳钦饶嘉措（公元1849年—1945年1月24日）在马尔康卓克基转世，7岁时经第三世嘉阳向巴活佛认定坐床。稍长，即远涉西藏“三大寺”等拜师修学，曾拜十二世达赖喇嘛和第八世班禅为师，习修大小五明文化和佛教经典，22岁执掌寺院教权。宣统三年（公元1911年）缔建护法神庙，民国10年（公元1921年）扩建经堂，民国16年（公元1927年）新建祭堂，民国23年（公元1934年）再次扩建大经堂，使寺院规模不断扩大。该寺一直兴办有专门的格西班为远近大小寺院培养格西，每到各格西班五年级、十年级、十三年级毕业典礼时，都有远近百姓前往参加这一庄严隆重的盛会。至今保持不变。