伊斯兰教在泉州的两处圣迹就是这个宗教博物馆展出的重要精品。其中，除了国家级重点文物景点清净寺外，坐落在丰泽区森林公园灵山上的圣墓也是这样一个“山不在高，有仙则灵”的地方。伊斯兰教创始人穆罕默德两位重要门徒——三贤和四贤的长眠之所，至今已有1300多年历史，但却保存得相当完好。各种宗教在泉州共存并荣，相处十分融洽，可见泉州是一个多么宽容的城市。这里是中国与阿拉伯世界友好交往又一处重要历史见证，因而也就成为泉州市14处国家级重点文物保护单位之一。

三贤和四贤在泉州传教，多有善行，受到人们普遍尊敬；他们逝世后，灵柩也不运回去，而是埋葬于风光秀丽的古城东郊（现已属市区）。泉州人出于对三贤、四贤的仰慕和尊重，传说这里从此有了灵气，夜里发出灵异之光。明朝何乔远的《闽书》记述：“二人自葬是山，夜光显发，人异而灵之，名曰圣墓，曰西方圣人之墓也。”于是，人们遂将其称之为“灵山圣墓”，并给予精心呵护。

灵山圣墓对于阿拉伯世界来说，是仅次于麦加的穆罕默德圣墓，以及位于伊拉克的阿里圣墓，处于第三处重要的圣墓地。

三贤和四贤的陵墓均为花岗岩雕刻的伊斯兰塔式石棺，底座莲花瓣图案装饰，简朴高雅，这和后来市区津淮街拓宽改造时发现的大量伊斯兰石棺大体一样。这依山而筑的半月形回廊，环抱墓室，寓意伊斯兰教如“初月”一样的教义，同时还可起到抵挡流沙的作用。这里造型独特的廊柱，上下两端偏细，据考证是我国南北朝至初唐流行的一种“梭柱”建筑风格。我国著名古建筑专家杨勋鸿教授认为，柱廊建筑是一本“石头的书”，从中考证圣墓为初唐时期所建。

关于圣墓的记载，最早应是元代至治三年（1323年），请看这方立于墓廊正中的阿拉伯文碑石：“此墓为昔日传教此方二先贤之墓”、“人民怀其德而思之”、“常有多人自远方到此墓瞻礼行香”等内容。大家再看回廊，还有这一方在中外海交史上具有重要意义的“郑和行香碑”，它记载了500多年前我国大航海家郑和七次下西洋期间，其中第5次远航时（1417年），特地从泉州上岸，专程到圣墓行香祈祷。可见泉州圣墓当时在全国甚至整个亚洲所具有的巨大影响，这方碑刻就是当时地方官员为这件大事立下的碑刻。

拜谒圣墓以后，到前方去摸一摸这座几千年不倒的“风动石”。“风动石”并非泉州所独有，但上面镂刻有“天然机妙”，明朝泉州知府周道光称之为“碧玉毛求”，这却使它非同一般。它的独特之处还在于依山临海，风吹动之，手撼颤之，然而历经千年而不倒，更可贵的是它还为灵山圣墓增添了几分灵气。

如今居住在泉州的阿拉伯人后裔大约有5万多人，比较集中的有晋江陈埭镇和惠安百崎乡。泉州市为此成立了“保护伊斯兰史迹委员会”，一些海湾国家还要在泉州海外交通史博物馆附近，捐建伊斯兰史迹博物馆。近年来，国家不仅将圣墓列为全国重点文物保护单位，而且多次拨款修葺保护，使之日益显得更加幽雅清新，富有灵气。