会宁县早在新石器时代就有人类活动。《禹贡》雍州之域，殷周为西羌所居，战国至秦属北地郡。西汉于会宁境内置祖厉县，属安定郡（祖厉音嗟赖，以祖厉河而定名），治所在今县北郭城驿镇有祖厉县故城遗址。公元前一一二年，汉武帝西巡到此。《汉书.武帝记》载；“（元鼎）五年冬十月，行幸雍，祠五畴，遂逾陇，登崆峒，西临祖厉河而还”。王莽时祖厉县改为乡礼县。东汉初，废乡礼，复为祖厉县。安帝永初五年（111年），迁县治于今会宁县会师镇南十里铺村窝铺村民小组厉河之滨，属凉州刺史部武威郡。两汉时期，会宁地居“丝绸之路”北线，用兵河西之孔道。魏晋以来，会宁之地陷于荒芜。南北朝时期，西魏废帝二年（553年），周太祖为西魏相时，置会州会宁县，治所在今靖远县东北。《元和志》载：“后周太祖为西魏相，来巡，会师于此，土人张信罄资犒军，太祖大悦，因置州以会宁为名”。

“周太祖置会宁县，属会州。”会宁县自西魏得名，至今已有1400多年的历史。北周属高平郡乌兰县。隋属平凉郡会宁县，后改凉川县。唐属会州会宁郡，所辖会宁、乌兰二县。宋属会州敷川县。金属会州保川县。又置西宁县，属秦州，治所在今会宁县翟家所乡张城堡村有西宁故城遗址。此地宋时称“甘泉堡”。宋宣和中（1120年）尝置刺羌城于此。贞右四年十月（1216年）西宁县升为西宁州，仍属会州。元顺帝至正七年（1347年），并县入州，属巩昌路，隶陕西行省。元顺帝至正十二年（1352年），因会宁地震严重，“诏改会州为会宁州”。