潢川清真寺的特别之处在于，其外观完全不同与阿拉伯式清真寺的建筑形象。而是以中国传统建筑式样建造的伊斯兰寺院，是实实在在中西结合的结晶。据传，伊斯兰教早在唐代“安史之乱”时期就传入潢川，有当时的回纥人、维吾尔族人、阿拉伯人和波丝人等，曾驻扎在潢川南城（回回营也因此而得名，因风俗习惯，有回民的地方必有清真寺），历史上有东大清真寺始建于元朝（年代不详，但元代潢川回族大诗人马祖常就是最好的依据），原址位于现九龙大饭店附近，毁于战火。北大清真寺最晚建于明代（年代不详），原址就是现第一小学，相传，因闯王李自成“三洗河南，九洗光州”，北大清真寺也因此而毁于战火。西清真寺始建于清嘉庆13年，原址位于现在的小黄河南岸，即航空大桥南约100米处，因支持潢川县委、县政府的“小黄河沿岸治理工程”而拆除。现在仅存的清真寺历史上曾被称为清真南寺。改革开放后，由原清真寺财产管理委员会，定名为潢川县清真寺。

该寺位于潢川南城南湖畔，北邻铁旗杆（道教）、基督教堂，东邻小南海观音阐寺（佛教）、天主教堂，与312、106国道接壤，西邻小黄河与古城墙连为一体，形成了一道独特靓丽的风景线。东西南北，“五教绘翠”和睦相处，实为全国之罕见。它始建于清乾隆19年（1755年有碑文等记载），大清同治13年复修，1990年重修。目前是信阳市保存最完好的古建筑。解放前这里曾是中共地下党组织的秘密活动中心（光州文史资料上有记载），是信阳市首批文物保护单位，也是潢川最具代表性的古建筑。主要建筑群座西面东，两层门楼，两进院子，中轴线上的主要建筑为大门楼三间，2001年翻建，阿拉伯式建筑风格，站地近40平方米，二门楼三间，乾隆24年（1760）建，站地近50平方米，礼拜殿五间，乾隆19年（1755）建，站地近170平方米，讲经堂五间，乾隆35年（1769）建，站地近110平方米，望月楼三层（文革时被拆除，望月楼这名字勾起一个革命故事和许多往事……），是阿訇观月、宣经、斋戒的地方，是伊斯兰教寺院的特有建筑，整座楼阁结构精巧，装饰繁多，是清真寺最精致的建筑，礼拜殿则是最特别的建筑之一，由卷棚、后殿和庑殿式后窑（后窑文革时被拆除，注：被拆除的不影响整体美观）三座建筑相连组成，建筑学上称“勾连搭式”。