小昭寺主楼三层，底层分门庭、经堂、佛殿三部分，周围是转经廊道，廊壁上遍绘无量寿佛像。顶层是汉式金瓦，金光闪闪，凌空摩天，拉萨各个方位均能看到，蔚为壮观。

小昭寺创建于公元七世纪中叶，香火延绵已逾千年。相传文成公主入藏时带了一尊释迦牟尼十二岁等身赤金像，行至现在的小昭寺时，木车陷入沙地中。公主通过历算，决定把释迦牟尼佛像安放此处供奉，遂建小昭寺。这座寺庙由文成公主主持修建，与大昭寺同时开工，同时告竣，同时开光；大门朝东，以寄托这位公主对家乡父母的思念。

小昭寺主神殿原来主供文成公主从长安带来的释迦牟尼佛像，大昭寺主神殿原来主供尼泊尔公主从加德满都带来的释迦牟尼佛像，后来两座佛像换了位。根据五世达赖喇嘛所著的《大昭寺目录》等书记载：小昭寺最早主供佛像是文成公主带来的释迦牟尼佛像。松赞干布逝世后，遵照文成公主的旨意，大昭寺和小昭寺释迦牟尼佛像进行了对换，把尼泊尔公主带来的释迦牟尼佛像作为主圣供在小昭寺。著名的拉萨上密院，也设在小昭寺内，这是格鲁派僧人研读佛经颇有成绩的喇嘛进一步深造、修习密乘的地方，上密院堪布兼任小昭寺主持。