吉贝屿位于白沙岛北方约5.5公里，是白沙乡28岛屿中除白沙岛外最大的有人岛，也是本县第六大岛。吉贝名称的由来有两种说法，一是吉贝屿外围暗礁岛屿形状布列似“吉”而得名。另一种说法是“吉”是偏远的离岛，有贝冢存在的意思。根据研究，吉贝属于“北海渔场”，早在明代就有渔民在此生活建庙，就是今天武圣殿的前身。吉贝屿在清朝时期从“镇海澳”分设独立为“吉贝澳”，相当于现在的乡，设有军事长官及官兵。日据时代，吉贝岛居民增加，一部份前往高雄的“哈码星”(为现在高雄市鼓山及盐埕区靠近港口一带)从事苦力，并集资在今日高雄市建国四路底兴建武圣殿，以延续家乡信仰的香火。光复后，一部份在外工作的居民回乡，使居民生活改善。一时有“小美国”的称号。1960年后，近海渔业枯竭，台湾经济发展，年轻人再次渡海到台湾工作。

吉贝屿的四周有大小石沪群和珊瑚礁地形，岛内更有丰富的人文景观与文化遗址。由于地理位置特殊，本岛的鸟类和植物也十分丰富，目前发现的鸟类已有百余种。本岛东南海岸的岩层已被侵蚀形成海蚀平台。岛的东侧及东北侧海滨，有较黝黑的玄武岩。西崁山原为一独立山头。后来由广大的珊瑚碎屑堆积成一座陆连岛，在西崁山东南方有一隆起的滩岩地形，与西崁山北方的堆积层，合占全岛的二分之一面积左右，是本岛另一特别的地形景观。堆积层外面的海蚀平台上，石沪栉比鳞次，退潮后露出海面，是澎湖石沪最密集的地方。