花莲的吉安乡在日据时代是大批日本人移民的主要据点，西元1917年时日人为了安定民心在此区建置了吉野布教所，即为现今的庆修院。庆修院在当时除了是日人的精神信仰中心外，具备了医疗所、课堂室及丧葬法事服务处等多种功能。

当时布教所所供奉的主神有弘法大师、不动明王及毘沙门天王，建筑物外形主要是遵循日本传统高野山脉寺院的形式，院拜堂四週有迴廊，四周种植各式花草树木，环静清幽、雅静。后因日本战败撤离，布教所改由当地居民接手管理，正堂便改奉祀释迦牟尼佛及观音菩萨至今。

民国九十二年八月县政府慎重地完成庆修院的修护工程，将摆放在庭院中具有历史价值的八十八尊佛像完整地呈现其原貌。