石山孜遗址位于烈山区古饶镇石山孜村，遗址南依石山，山上纯石无土，峭峰怪石林立。石山周围较为低洼，大雨过后，积水呈现护山河状。据清光绪《凤阳府志》记载：“宿州西北50余里有石山，周围上一里许，纯石无土，介然独峙，层层迭起，嵌空玲珑，如雕如画。”故老乡传此山为天庭中的神仙杨二郎担山时掉下的扁担楔子，又称为“飞来峰”。

1984年第二次全国文物普查时，石山孜遗址被文物部门发现。遗址处于石山的北侧，中间有一条宽4米东西向的村路穿过，路北沟内切面处文化层暴露明显，厚约1.5米，上距地表1米。五花土层呈不规则状，内含大量的颗粒状红烧土和各种陶片。路南沟内有大量贝壳堆积层，间有少量陶片和手制纺轮，质地多为泥质红陶，也有少数的蛋壳红陶和黑陶，以及加贝砂灰陶。鼎足、足均为圆锥形，大小长短不一，质松火候低。陶片均无纹饰。

1987年安徽省考古研究所对该遗址进行复查，确定遗址东西长370米，南北宽350米，实际面积近12万平方米。1988年，安徽省考古研究所对石山孜遗址组织第一次考古发掘，勘察面积100平方米；1992年、1993年又进行了两次考古发掘，发掘面积350平方米。三次考古发掘共清理灰坑395个，墓葬16座，房屋遗址15处，出土陶、石、骨、角器等文物近500件。1989年，石山孜遗址被安徽省人民政府公布为第三批重点文物保护单位。

    经过对出土文物的碳十四年代测定，石山孜遗址所处时代距今约7000年前。结合考古发掘各类出土文物遗存综合判断，石山孜遗址具有面积大、堆积厚、文化内涵丰富、出土器物特征明显的特点，时代明显早于邻近区域所发现的新石器文化遗址，同中国早时期的新石器文化代表裴里岗文化遗址时代相近，但是文化内涵与裴里岗文化遗址又相互独立。因此，石山孜遗址作为皖北区域新石器早期文化的代表，对深入研究皖北地区早期文明的起源具有特别重要的价值。