位于市区涂门街中段北侧,又名麒麟寺，,或音译为艾苏哈卜寺，,俗称清真寺.寺北依八卦沟为界，南临涂门街,占地2078.36平方米，1961年3月列为为第一批国家重点文物保护单位。始建军于北宋中祥符二年(1009年),是中国现存年代最早的伊斯兰教寺之一。主要建筑有大门、奉天坛、明善堂三部分。

清净寺是中国现存最古老的伊斯兰教寺，在伊斯兰世界也是有数的古寺之一。清净寺是我国与阿拉伯各国人民友好往来和文化交流的历史见证，也是泉州海外交通的重要史迹。

大门通高12.3米，基宽6.60米，门宽3.8米，朝南，全用花岗岩和辉绿岩砌叠而成。穹形顶，由三个层次四个高大相连的尖拱门组成。第一尖拱门高10米、宽3.8米，全用辉绿岩筑砌；顶部为蛛网穹形结构，门楣上嵌有浮雕阿拉伯文古兰经横额。第二尖拱门高6.7米，顶部用花岗岩刻制，拼成蜂窝状穹窿形如藻井的石构图案。第三尖拱门高4.3米，与相距4.5米、高4.03米的第四尖拱门连成一体，门顶作半个纯圆形穹顶，粉抹白灰。整个大门由四门三室重叠相连组成，结构独特。大门屋顶作半个平台，名望月台，是伊斯兰教斋月用以望月、决定起斋日期的地方。台的周围三面筑回字形垛子，像城堞一样，使大门更加雄伟壮观。

奉天坛又称礼拜殿，在门楼西侧，坐西朝东，尖拱形大门，高4.45米，宽2.25米，门楣顶刻有阿拉伯文经句，屋顶已倒塌，殿内尚存石柱础7个。坛的四周围墙均为白色药岗岩石砌成，南围墙全长23米，高6米，厚1.02米。墙高1.82米处并排开设八个长方形大石窗，窗孔高2.85米、宽1.8米，窗顶楣各嵌一方阿拉伯文古兰经摘句的石刻。西围墙为朝向圣麦加的正向墙，呈凸字形。正中凸出宽4.54米，深4.31米，中间嵌一尖拱形宝盖龛，刻有阿拉伯文古兰经句，两旁各设一门，门龛顶有浮雕阿拉伯文经句。凸出部分以外的两过墙壁各砌三个尖拱宝盖状壁龛，龛与龛之间开设高2.95米、宽1.60－1.65米的长方大门，龛中及尖拱顶石板均雕有阿拉伯文经句。 

明善堂位于奉天坛北侧，坐西朝东，建于明隆庆元年（1567）年，为伊斯兰教徒礼拜之所。堂前置精雕石香炉一座（原为奉天坛旧物，后移此），堂的南侧有小楼，楼下为接待室及伊斯兰教陈列室。在门搂的东侧“祝圣亭”内立有元至正十年（公元1350年）、明万历三十七年（公元1609年）重修清净寺的碑记，是研究泉州伊斯兰教的重要物证。寺内有明成祖于永乐五年（公元1407年）颁发保护清净寺和伊斯兰教的《敕谕》石刻一方，极为珍贵。